梯度PCR扩增仪是DNA扩增的一种仪器设备，被广泛运用于医学、生物学实验室中，例如用于判断检体中是否会表现某遗传疾病的图谱、传染病的诊断、基因复制以及亲子鉴定等。
一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪称作传统PCR仪，也叫普通PCR仪。如果要做不同的退火温度需要多次运行，主要是用于简单的、对目的基因退火温度的扩增，该仪器主要应用于科学研究、教学、医学临床、检验检疫等机构。
PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（温度梯度，通常有12种温度梯度）的PCR仪称作梯度PCR仪，其退火温度是不同的，通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR扩增，就可以筛选出表达量高的退火温度，进行有效的扩增，用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样节约成本的同时也节约了时间。
梯度PCR扩增仪主要用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样既节约时间，也节约成本，在不设置梯度的情况下亦可当做普通的PCR用，多应用于科研、教学机构,检验、检疫等，用于从细胞内靶DNA的定位分析的细胞内基因扩增仪称作原位PCR仪，是保持细胞或组织的完整性，使PCR反应体系渗透到组织和细胞中，在细胞的靶DNA所在位置上进行基因扩增。
扩增仪不但可以检测到靶DNA，又能标出靶序列在细胞内的位置，对于在分子和细胞水平上研究疾病的发病机理和临床过程及病理的转变有重大的实用价值，主要应用于临床、科研。荧光定量检测技术在临床诊断方面很多，主要集中在各种病原体引起疾病的临床诊断，如肝炎类疾病、性病、与优生优育相关的疾病以及肺结核等等。
